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Segundo meu conhecimento alsamixer
não gerencia qual aplicativo usa qual interface / placa de som / saída, você só pode definir os controles do software (alguns podem ter apenas controles de hardware e não oferecem nenhum controle de software) para os dispositivos detectados por Alsa.
A instalação padrão da área de trabalho do Ubuntu usa o PulseAudio na Alsa para gerenciar qual aplicativo usa qual placa de som. O mesmo se aplica ao Lubuntu.
No Unity, essa funcionalidade pode ser acessada e gerenciada por meio do indicador de volume ou do menu de configurações do sistema.
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