A localização do pipe é definida em "Editar → Preferências → Entradas → Caminhos". O mais provável é que o padrão seja:
~/.lyx/lyxpipe
(de modo que é o seu diretório home e, em seguida, o diretório oculto .lyx; se você usar ls -a|more em seu diretório inicial, ele mostrará todos os arquivos ocultos, incluindo .lyx).
O LyX adiciona os sufixos '.in' e '.out' ao criar os canais para que os nomes sejam lyxpipe.in e lyxpipe.out .
Em relação ao próprio lyx.
which lyx
mostrará o lugar do executável e mostrará:
/usr/bin/lyx2.0
Isso não é um diretório em sua casa, mas no diretório / usr /. Este diretório está no seu PATH para que você possa executá-lo de qualquer lugar no seu sistema digitando "lyx2.0".