Em termos leigos,
rm
desvincula o arquivo.
"mover para a lixeira" é algo equivalente a mv file ~/.local/share/Trash
no terminal, o que significa que o arquivo foi movido de um diretório para outro.
PS: Esta questão surgiu como o primeiro resultado quando fiz uma pesquisa no Google por "ubuntu rm diferença de lixo ". Espero que você possa fazer uma pesquisa na próxima vez antes de perguntar.