O Apache vem com o módulo userdir que permite usar /home/USER/public_html
como diretório raiz.
Você acessará este public_html como localhost/~USER/
Você pode precisar ativar userdir, se não estiver ativado, o que é feito por:
sudo a2enmod
Por padrão, o Apache usa /var/www
como raiz do documento.
Ou você também pode criar um host virtual com sua raiz de documento específica.