Você não instalou o kernel, apenas cabeçalhos.
Se você quiser atualizar o kernel para o 3.16 no Ubuntu 14.04, a maneira correta é esta:
sudo apt-get install linux-generic-lts-utopic
O pacote meta extrairá os cabeçalhos e a imagem. Desta forma, os kernels serão atualizados através do processo de rotina.