O TrueCrypt não suporta criptografia completa da unidade do sistema no Linux. Se você quiser criptografar a unidade completa no Linux, você vai querer usar algo como ecryptfs ou dm-crypt . No entanto, a criptografia completa da unidade no Linux pode ser um pouco demais; você realmente precisa apenas criptografar os diretórios /home , /var e /opt .
Criptografia do sistema TrueCrypt: link
Os documentos do Arch são os melhores documentos para configurar ecryptfs e / ou dm-crypt : link
Pessoalmente, eu recomendo dm-crypt porque você pode configurar o linux para montar discos criptografados na inicialização ou solicitar uma senha.