Se você foi hackeado, então é um jogo seu contra eles, quem tiver mais conhecimento sobre Linux vencerá.
A perícia forense é um assunto complexo e, lamento dizer, se você tiver que perguntar, é mais provável que você não esteja na extremidade curta do bastão.
Meu conselho é fazer backup de seus dados e reinstalar. Em seguida, use senhas strongs e leia sobre como proteger seus servidores.
Por exemplo, use chaves com ssh e desative a autenticação por senha.
Veja:
Pesquisa forense no Linux