A diferença é de "Instalação Limpa" vs. "Atualização In Situ"
Uma "instalação limpa" colocará a versão do Ubuntu na ISO no sistema. Mas, ao fazer isso, ele sobrescreverá a versão anterior, portanto, você precisará fazer backup dos dados com antecedência e recarregá-los.
Uma "atualização no local" é exatamente isso. Ele irá atualizar os arquivos do SO atual para a próxima versão do Ubuntu. No entanto, isso representa o risco de quebra de pacotes durante a atualização, e isso pode ser problemático. Você também deve fazer o backup de seus dados para esse método.
Normalmente, a "instalação limpa" tem menos chance de quebrar o pacote.