As instruções oficiais para construir e instalar a partir da fonte são:
# Preconfiguration setup
shell> groupadd mysql
shell> useradd -r -g mysql mysql
# Beginning of source-build specific instructions
shell> tar zxvf mysql-VERSION.tar.gz
shell> cd mysql-VERSION
shell> cmake .
shell> make
shell> make install
# End of source-build specific instructions
# Postinstallation setup
shell> cd /usr/local/mysql
shell> chown -R mysql .
shell> chgrp -R mysql .
shell> scripts/mysql_install_db --user=mysql
shell> chown -R root .
shell> chown -R mysql data
# Next command is optional
shell> cp support-files/my-medium.cnf /etc/my.cnf
shell> bin/mysqld_safe --user=mysql &
# Next command is optional
shell> cp support-files/mysql.server /etc/init.d/mysql.server
Fonte: Instalando o MySQL usando uma distribuição padrão de fontes
Na sua pergunta, você não mencionou ter executado cmake .
, make
ou make install
a qualquer momento.
Sugiro que você exclua o diretório existente e comece novamente do arquivo .tar.gz
seguindo as instruções oficiais ao pé da letra.