Você precisará usar o portal do seu provedor de VPS para restaurar um backup de imagem - se tiver um - ou recarregá-lo com a imagem padrão, se você não tiver um backup.
Se você está se sentindo muito, muito perdido na mata sobre isso, você deve entrar em contato com o suporte do seu provedor de VPS e perguntar sobre suas opções.
Em termos práticos, todos os dados que estavam naquele VPS no momento em que foram rm -rf
ed foram perdidos se você não os salvou em nenhum lugar.