Sinto muito, mas não entendi a pergunta. O Wubi é um instalador alternativo do Ubuntu através do Windows. Isso é wubi, é isso que faz. Instale o Ubuntu dentro do Windows (não ao lado). Na verdade, isso nem é uma instalação regular. O Ubuntu é hospedado no sistema de arquivos do Windows NTFS.
Instalador do Ubuntu Wubi e Wubi Guia para mais informações.
Se você quiser alterar a ordem de inicialização, use cuidadosamente uma ferramenta do Windows → EasyBCD
Eu sugiro strongmente para instalar o Ubuntu ao lado do Windows = dual-boot regular.