Eu tive o mesmo problema depois de atualizar para o Ubuntu 12.10. Na verdade, a solução é bem simples. Basta ir ao menu TOOLS > OPTIONS e procurar a seção java. Não selecione o JRE instalado, pressione OK, reinicie e isso é tudo.
Eu instalei o Zotero autônomo em 12,10 64 bits. Alguns problemas que consegui resolver. O que resta é um erro dizendo "openoffice.org não pôde se comunicar com o Zotero. Certifique-se de zotero autônomo ou o Firefox está aberto e definido para um estado on-line e tente novamente" .
É quando eu clico em qualquer botão na barra de ferramentas do Zotero no libreoffice. O Firefox não abre com o plugin instalado e uma conexão de internet ativa. A solução de problemas do Zotero que menciona esse erro não foi de nenhuma ajuda para mim. Eu encontro relatos sobre esse bug desde 2009, mas não encontrei nada de ajuda.
Eu tive o mesmo problema depois de atualizar para o Ubuntu 12.10. Na verdade, a solução é bem simples. Basta ir ao menu TOOLS > OPTIONS e procurar a seção java. Não selecione o JRE instalado, pressione OK, reinicie e isso é tudo.
Eu tive o mesmo problema. Este é o meu sistema:
Essa configuração não funcionaria com o Zotero. O erro foi "openoffice.org could not communicate with Zotero."
Use o gerenciador de pacotes para remover completamente o Libreoffice.
Faça o download da versão mais recente em documentfoundation.org .
Descompacte-o e instale-o pelo arquivo de texto Readme . Ele pedirá que você abra as pastas do Libreoffice com o seu terminal, então execute sudo dpkg -i *.deb duas vezes - uma vez na pasta DEBS e uma vez na pasta Desktop Integration .
Espero que isso ajude! Como você, eu não tive sorte com isso até que eu fiz a reinstalação do LibreOffice.