O link a seguir é para unidade, mas também funciona para o gnome 3.
Eu criei "/usr/share/applications/zendstudio.desktop" com o seguinte conteúdo:
[Desktop Entry]
Version=10
Name=Zend Studio
GenericName=PHP IDE
X-GNOME-FullName=Zend Studio PHP IDE
Comment=PHP IDE
Exec=/usr/local/lib/ZendStudio/ZendStudio
Icon=/usr/local/lib/ZendStudio/icon.xpm
StartupNotify=false
Terminal=false
Type=Application
Categories=GNOME;GTK;Network;IDE;CODE;PHP
O diretório do ZendStudio está no meu / usr / local / lib /. No Gnome 3 eu posso procurar o aplicativo.