Você pode escrever um ShellScript que verifique se o hd externo está montado e, se assim for, inicie o cliente-torrent algo assim ...
#!/bin/bash
varCheck='mount | grep "/media/external_hd"'
if [[ ${#varCheck} > 0 ]]
then
start torrent-client
fi
e, em seguida, coloque isso no seu início automático