Itere tudo e teste se é um arquivo normal ou não.
#bash
for file in ./*; do
[[ -f $file ]] && mv "$file" "$file.ext"
done
Caso você precise evitar adicionar extensões em arquivos que já o tenham:
for file in ./*; do
if [[ -f $file && $file != *.ext ]]; then
mv "$file" "$file.ext"
fi
done