A resposta simples é sim.
Existem muitas razões complicadas para tudo isso relacionadas aos aspectos internos de como o Windows funciona (principalmente para suportar software legado, mas também o histórico de soquetes brutos e o sistema de usuário único).
O caso mais simples é que quase todas as grandes empresas do mundo usam um ambiente Windows, portanto, malwares são escritos para atacar a maior população.