Pode haver muitos fatores responsáveis por isso.
Um deles é instalar mais pacotes. À medida que você instala mais e mais pacotes, o computador fica mais lento porque eles podem ter seus daemons que consomem memória e, portanto, deixam seu computador mais lento.
Se houver um processo que esteja ocupando mais memória, você poderá corrigir o problema usando os comandos fornecidos na resposta a esta pergunta: O Ubuntu desacelera com o tempo? .