O Ubuntu mostra pastas de maneira um pouco diferente e as organiza de maneira diferente.
Abra sua pasta pessoal. Pressione Ctrl + H. Agora você deve vê-lo como "dot-folders" geralmente estão ocultos. Isso pressupõe que você tenha executado o minecraft como seu usuário anteriormente. Se você não tiver, execute-o, fazendo algumas coisas nele (apenas para criar seus arquivos de configuração).