Eu sei que este é um tópico antigo, mas consegui encontrá-lo. A versão que estou executando é 2.65, mas eu suspeito que eles começaram a usar isso desde 2.64. De qualquer forma, o caminho para o arquivo pref do usuário é agora:
/home/USERNAME/.config/blender/2.65/config/userpref.blend
/startup.blend
Pelo menos, esse é o caso para mim!
Espero que isso ajude!