O cliente de transmissão do gtk mudou o nome recentemente de transmissão para transmissão-gtk. O lançador deve ser atualizado de acordo com o novo nome. No entanto, você pode ter um launcher customizado em seu homedir, e este não será alterado por nenhuma remoção / instalação de pacotes.
Então, procure em ~/.local/share/applications
e afaste (ou exclua) qualquer arquivo .desktop
com transmissão em seu nome.