O PPA realmente exclui pacotes antigos quando uma nova versão é carregada.
Para mais informações sobre isso, consulte:
- Packaging / PPA ("Pacotes ... no seu PPA ... até ... substituídos por outro pacote")
- Bug 215661 ("seria bom se o launchpad permitisse que várias versões de um pacote estivessem presentes no PPA" e o bug é triagem )