Você iniciou o script de configuração como root (via sudo). Ele estava testando seu compilador e criou um arquivo que é executável apenas pelo root. Portanto, uma tentativa de executá-lo como usuário normal falha.
Normalmente, você não precisa de sudo ao criar um software, use-o somente ao instalá-lo.
Atualização: após um exame mais detalhado, parece que você executou o script de configuração pelo menos duas vezes: primeiro com o sudo e depois sem. Você pode ter se esquecido de limpar, então há um arquivo a.out antigo pertencente ao root e não executável pelo usuário não privilegiado.
Update2: com base nos comentários abaixo, eu tenho que adicionar outra explicação para o que aconteceu. Você tentou compilar seu pacote em um sistema de arquivos não-POSIX. Sistemas de arquivos como o FAT32 não armazenam permissões de arquivos, e é por isso que você não pode executar ./configure
e o script não pôde executar a.out para verificar se o seu compilador funciona.