Você provavelmente tem um ou mais caracteres não imprimíveis no início do script, que são invisíveis quando você olha para o script em um editor (ou via 'cat'), mas estão impedindo que o interpretador csh correto seja invocado . Os erros remanescentes provavelmente são apenas porque o sistema está retornando ao shell padrão (bash) no qual a sintaxe
if ($1 != "") cd $1
está incorreto e desaparecerá quando você corrigir a linha shebang para que o shell desejado seja chamado.
Não tenho certeza da melhor maneira de remover caracteres não imprimíveis - você pode tentar algo como
sed -i '1 s/^[^#]*//' most_plasim_run
que excluirá qualquer coisa até o primeiro caractere # na linha 1 do script - ou você poderá abrir um novo arquivo vazio e inserir uma linha shebang 'limpa'
#!/bin/csh
e copie e cole o restante do script e salve-o novamente.