Eu tive o mesmo problema. No meu caso estava relacionado com a compabilidade nvidia-current-updates (que instalei antes da atualização para o 12.10) com o compiz.
Consertei instalando a versão 310.19 do driver nvidia disponível através deste ppa (esta não é a versão oficial suportada no ubuntu, mas funciona muito bem):
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-x-swat/x-updates
sudo apt-get update
sudo apt-get install nvidia-current nvidia-settings
Para que essa correção funcione, talvez seja necessário reinicializar após a instalação do ppa.