Para construir e instalar o matplotlib, você precisará instalar as dependências necessárias. Neste caso em particular, parece que você está perdendo python-gtk2-dev
.
Quanto à falha com help('modules')
em python, é provável que esteja tentando carregar as ligações introspectivas, bem como as ligações estáticas antigas; e isso causará uma falha, pois há símbolos conflitantes nas bibliotecas incompatíveis que eles suportam.