Seu entendimento é essencialmente correto - a tecla Del como usada no Nautilus (ou outro gerenciador de arquivos) NÃO é a mesma que usar rm ; ele "move" o arquivo para a Lixeira para que ele possa ser recuperado, a menos que você Esvazie a lixeira (que é o mesmo que rm ).
Observe que, mesmo se você rm a um arquivo, os dados reais ainda estarão no disco depois que o inode for excluído. Se você agir imediatamente antes que os dados sejam substituídos, você ainda poderá recuperar os dados usando uma ferramenta como testdisk/photorec .