Eu uso em ou no Ubuntu. Nunca em . Sob é para sistemas operacionais opressivos onde os usuários estão sob lock and key, e onde os processos às vezes executam instruções ilegais e devem ser colocados sob detenção.
Exceto pelas diferenças conotativas, em , em e em estão todas corretas. Mas não use em . Estamos por cima disso. :)
Mas a sério; nos referimos ao Ubuntu como uma plataforma e um ambiente. Você não coloca coisas sob uma plataforma, mas em , e você não coloca algo em um ambiente, mas em isso. Não vejo nenhuma boa razão para usar a palavra sob neste contexto.