A menos que você tenha feito algo incomum com a configuração do sistema, o Ubuntu executará automaticamente o comando fsck (FileSystem ChecK) apropriado na próxima reinicialização.
O comando genérico "fsck" tentará detectar o tipo de sistema de arquivos, ou aceitará parâmetros especificando o tipo. 'e2fsck' é essencialmente um atalho dizendo que é um sistema de arquivos ext2. Todos eles se comportam da mesma maneira e verificam o sistema de arquivos em busca de erros.
Você está certo de que eles podem ser perigosos - nunca execute o fsck em nenhum sistema de arquivos montado (partição raiz ou outro), pois isso pode levar à perda de dados. Reinicialize e isso será feito com segurança, sem a necessidade de executar comandos manualmente.
Atualização: A mensagem que você viu não significa que haja dano, é apenas o registro da manutenção preventiva que será feita automaticamente.