Bem, se você estiver com problemas para baixar o aplicativo Nike Plus, tente baixá-lo com um navegador diferente. Ou se você estiver realmente desesperado e for o software Nike Plus Connect (sua descrição não é totalmente precisa), tente digitá-lo ou copiá-lo no seu terminal:
wget http://nikerunning.nike.com/nikeplus/connect/installers/windows/Nike+Connect_Installer.exe
Se, por outro lado, o software não estiver rodando, você precisará do WINE, que deve estar disponível no Centro de Software, ele permite que você execute o software do Windows, pois não consigo ver uma versão do Linux em seu site.