Esses círculos laranja são os Unity Grab Handles, um plug-in do Compiz projetado para facilitar o redimensionamento e a movimentação com telas sensíveis ao toque ou touchpads. Por padrão, é acionado por um toque com três dedos na janela.
Na resposta aceita desta pergunta:
Como eu uso as alças de arrasto do Unity?
existe um guia muito detalhado para configurar as alças. Uma vez que você só quer se livrar deles, você só precisa desmarcar o plugin em si.