Você pode usar o comando apt-get autoremove . Ele removerá pacotes que são instalados como dependências automáticas, mas não são mais dependentes.
apt-get tem um sinalizador --auto-remove que pode ser usado para remover automaticamente os pacotes instalados automaticamente ao remover um pacote instalado manualmente:
apt-get remove --auto-remove packagename
Algumas outras ferramentas também são capazes de fazer isso, por exemplo, aptitude sugere automaticamente que você remova os pacotes que foram órfãos.
O rastreamento de pacotes instalado automaticamente é incorporado ao apt, portanto, o rastreamento deve funcionar independentemente da ferramenta usada para instalar os pacotes.