Se você estiver usando a sessão padrão do GNOME ("Ubuntu Desktop Edition"), ela já deverá padronizar o Compiz se ele funcionar em seu hardware. Você não precisa instalá-lo separadamente.
Você deve ser capaz de mudar para o Unity escolhendo a sessão "Ubuntu Netbook Edition" sem problemas, caso em que o Compiz não estará rodando, e não irá interferir com o Unity de qualquer forma.