Neste momento, não há nada que você possa fazer. O Nautilus não tem a funcionalidade de reconhecer que existem dois dispositivos de armazenamento em um player.
Como solução alternativa, você pode ir para as configurações do nautilus e editá-las para que nenhum prompt seja exibido. Você ainda tem a opção de abrir o media player padrão clicando com o botão direito do mouse no ícone do dispositivo.