É uma questão comum desde o mysql 5.5.
maneira comum de resolver esse problema:
- Descarregar todos os bancos de dados
- Parar o servidor MySQL
- Adicione a opção "innodb_file_per_table" ao seu my.cnf
- importe seus bancos de dados
Eu encontrei um script de shell aqui. para sua referência. link
Referência: