Sou apenas um usuário final de desktop, mas eu ficaria com o 16.04, já que é a versão (LTS) estável e de longo prazo suportada . Ele deve ter a menor probabilidade de problemas de dependência, pois muitos fornecedores padronizam o sistema sabendo que ele será suportado por três anos.
A próxima LTS, 18.04, será lançada em abril deste ano, portanto, há uma tonelada de desenvolvimento chegando a 17.10 que culminará em 18.04.