Reduzindo uma partição existente para dar espaço ao Ubuntu funciona bem. Geralmente, o Ubuntu é muito, muito tolerante com o local onde está instalado em uma configuração de armazenamento de várias unidades - tenho duas unidades de prato e um SSD de 250 GB e atualmente inicializo a partir do SSD, mas com algumas teclas pressionadas temporariamente o disco rígido menor se eu precisar fazer reparos. O Windows XP está presente no disco rígido maior, embora não seja inicializável há alguns anos.
Geralmente, qualquer combinação de HDD e SSD funcionará bem, desde que o GRUB seja instalado na unidade da qual o BIOS espera iniciar o sistema.