Você deve adicionar seu usuário a www-data
no servidor.
sudo usermod -a -G www-sata your_user
Você então mantém o / var / www, e os arquivos neste diretório, de propriedade do root: www-data
Veja também Defina o proprietário / usuário padrão
Em seguida, ssh com a opção -X
ssh -X user@server
Você então edita com
gedit /var/www/file_to_edit
Se você tiver o ssh instalado, você pode montar arquivos localmente com o sshfs. Permissão negada no automount do SSHFS
Acho que o sshfs lhe dará mais facilmente a funcionalidade que você deseja;)
Nas janelas você pode usar o winscp.