Para 12.10 e mais recente:
Acesse dconf-editor e, em seguida, canonical > indicator > messages e remova o aplicativo que você não deseja ver.
Em versões anteriores do Ubuntu eu poderia adicionar um arquivo .desktop em ~/.config/applications/indicators/messages/applications-blacklist e os itens não apareceriam mais no menu de mensagens. Em 12.10 isso não funciona mais. Como posso remover entradas indesejadas?
Obrigado antecipadamente!
Acesse dconf-editor e, em seguida, canonical > indicator > messages e remova o aplicativo que você não deseja ver.