Esse mesmo problema aconteceu comigo? O Centro de Software criou o seguinte arquivo que precisa ser removido.
sudo rm /etc/apt/sources.list.d/archive.canonical.com_commercial-ppa-uploaders_skype_ubuntu.list
Depois, siga as instruções aqui para configurar o Centro de Software. Não tenho certeza por que isso dá a você a opção de instalar o Skype antes de fazer isso. Um tipo de bug.