Primeira execução em um terminal:
sudo apt-get install cpulimit && sudo apt-get update
Em seguida, use um editor de texto como o gedit ou o kate e coloque o seguinte texto no arquivo.
#!/bin/sh
dropbox start -i
cpulimit -e dropbox -l 15
salve o arquivo com um nome como "cpulimit.sh". Depois de salvar vá para o ícone e clique direito, em algum lugar na seção de permissões, haverá uma caixa para "tornar executável" ou algo semelhante. Marque essa caixa. Vá para o programa autostart, que você pode encontrar digitando "startup" em unidade ubuntu ou autostart no kubuntu. Adicione um programa, navegue, encontre o arquivo .sh que você criou e configure ok. Deve ser executado toda vez que você inicializar. No código acima, você notará que há um '15' que é o uso máximo da CPU. Você provavelmente poderia definir ainda mais baixo, se quiser (por exemplo, substituir '15' com '8' ou o que for). Não sei se há um mínimo ou não.