Você não precisa alterar nada neste comando, basta executar todos os três comandos no mesmo diretório, por exemplo, /home/nimrod/Downloads
no seu caso. Vamos cd
para ter certeza:
cd /home/nimrod/Downloads
sudo cp -P cuda/lib64/* /usr/local/cuda/lib64/
sudo cp cuda/include/* /usr/local/cuda/include/
Como alternativa, você pode fornecer os comandos caminhos completos :
sudo cp -P /home/nimrod/Downloads/cuda/lib64/* /usr/local/cuda/lib64/
sudo cp /home/nimrod/Downloads/cuda/include/* /usr/local/cuda/include/