Ao usar o Ubuntu 16.04, você deve ser cauteloso com a versão do Python que você usa, porque o Ubuntu 16.04 depende muito do python 3.5 .
Eu também instalei o python 3.6, e na pasta / usr / bin /, tive a (muito, muito ruim) idéia de mudar o link python3 - > python3.5 em python3 - > python3.6. Meu sistema travou pouco tempo depois disso (o Unity travou, muitos programas falharam, eu estava de volta ao CLI após a inicialização).
Consertei e descobri que esse link simples havia estragado tudo. Desde então, sempre que eu quero usar uma versão Python não padrão (padrão sendo 3.5 para o Ubuntu 16.04 LTS), eu faço um container (eu uso virtualenv) e trabalho a partir daí. Desde então, eu uso vários ambientes Python isolados (2.7, 3.5, 3.6; com tensorflow, cuda, cuDNN etc.) e tudo funciona bem.
Espero que isso ajude!