Na minha opinião, a melhor maneira pode ser particioná-lo da maneira que você quer, e formatar qualquer partição que você quer que seja acessível tanto pelo Win quanto pelo Linux como NTFS. [Edit: Como pa4080 apontado nos comentários, o exFAT também funcionaria]
O Windows reconhecerá isso sem problemas. No Linux, você pode precisar abrir o utilitário "Disks" e navegar até a partição, selecionar configurações e configurá-la para montar automaticamente o volume no momento da inicialização. A menos que você queira montá-lo manualmente conforme necessário - nesse caso, ele deve aparecer em seu gerenciador de arquivos como um dispositivo.
Uma palavra de cautela ao usar o Windows. Para impedir que o Windows bloqueie o volume, desative a hibernação e sempre execute um desligamento completo antes de inicializar no Linux. Esta é a configuração que eu uso para vários volumes NTFS, e pelo menos essa parte da configuração não me deu nenhum problema.