O LibreOffice é um programa MDI (interface de múltiplos documentos). Há sempre apenas um contêiner pai único para todos os documentos abertos. Isso é verdade, independentemente do tipo de documento aberto: o Writer, o Calc e assim por diante.
Quando você tem vários documentos abertos e cada um está em sua própria janela não maximizada, pode parecer que cada janela é uma instância separada do LibreOffice; mas não é. Todas as janelas ainda pertencem a um único contêiner pai.
Quando você escolhe Arquivo > Sair, você está fechando o contêiner pai e todos os documentos abertos serão fechados.
Como fechar o documento ativo e deixar os outros abertos
Você tem várias opções.
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Use Arquivo > Perto. O comando Fechar está acima de Salvar no menu padrão.
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Use Alt + F4
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Clique no botão Fechar (X) na barra de título da janela do documento. Se o documento estiver maximizado, o botão Fechar (X) na barra de menu global pertencerá ao documento ativo.
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Use Ctrl + w