O comportamento nos Bambus é gerenciado pelo próprio aplicativo e nenhuma configuração no tablet é necessária.
No caso do GIMP, você pode sobrescrever esse comportamento pressionando a tecla [Ctrl] enquanto desenha. Algumas combinações também são úteis, como [Shift] [Alt], etc.
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Para ter mais controle sobre o seu Bamboo, você pode dar uma chance para xsetwacom (http://sourceforge.net/apps/mediawiki/linuxwacom/index.php?title=Xsetwacom) que permitirá que você defina alguns parâmetros sobre como o bambu estará atuando globalmente, cujo truque pode ser útil para o seu caso.
Eu pessoalmente testei uma vez ao usar o Ubuntu 9.04 e tive alguns problemas com o comportamento do meu MTE-450 e funcionou como um encanto. Experimente e informe como você se saiu com esse problema.
Boa sorte!