wmctrl oferece uma maneira de alterar o tamanho e a posição de uma janela. Para mover uma janela com ID = 11 a 50,50 e redimensioná-la para 250.250, use:
wmctrl -ir 11 -e 0,50,50,250,250
Sobre o argumento da opção -r a manpage diz:
Sobre o argumento da opção -e a manpage diz:
Leia man wmctrl para obter mais informações.
Uma maneira alternativa é fornecida por xdotool . Para mover uma janela com ID = 11 a 50,50 e redimensioná-la para 250.250, use:
xdotool windowmove 11 50 50 windowsize 11 250 250
Veja esta resposta e, claro, man xdotool para detalhes.