Quando você copia com privilégios de root (executando o comando com sudo) e usa a opção para preservar as permissões e a propriedade, você deve obter o que deseja.
De man cp
:
-p same as --preserve=mode,ownership,timestamps
--preserve[=ATTR_LIST]
preserve the specified attributes (default: mode,ownership,time‐
stamps), if possible additional attributes: context, links,
xattr, all
A linha de comando a seguir copia arquivos na pasta, mas não em subdiretórios
sudo cp -p source-folder/* target-folder
A seguinte linha de comando irá copiar os arquivos na pasta, assim como os subdiretórios e arquivos neles (recursivamente)
sudo cp -pr source-folder/* target-folder
Você também pode usar rsync
para esta tarefa (preservando as permissões, incluindo os subdiretórios)
sudo rsync -Ha source-folder/ target-folder
em que -H
significa que também gerencia links físicos (opcional).
Se não for o que você deseja, mas você deseja alterar a propriedade ou as permissões, explique com detalhes o que deseja.