Anaconda, por definição, servidores como uma sandbox que permite instalar pacotes em ambientes estritamente definidos. Contanto que você esteja trabalhando em um desses ambientes (executando o comando activate ), seu ambiente verá apenas os pacotes que você instalou nele. Então, para responder à sua pergunta, o que você instalou anteriormente não deveria importar: o Anaconda apenas "verá" os pacotes instalados no ambiente atualmente ativado.
Uma boa leitura de recursos do Anaconda vale a pena acompanhar: Instalação do Linux e Gerenciando ambientes .
BTW, acabamos de concluir um projeto baseado em Python (usando o TeX de todas as coisas), e o Anaconda foi uma ótima solução para nossa equipe, pois conseguimos garantir ambientes consistentes e repetíveis entre os membros da equipe, independentemente do SO base.