Se você formatou esses discos (usou o instalador do Ubuntu para reparticionar, formatar e instalar nesses discos), então você está perdendo seus dados o tempo todo; cada vez que esses discos são gravados, seus antigos blocos de dados são sobrescritos. Dado que o sistema de arquivos que você instalou com o Ubuntu (provavelmente EXT3 / EXT4) é completamente diferente do sistema de arquivos exFAT ou NTFS que o Windows teria usado, você estará escrevendo todo esses dados. Como o CelticWarrior disse nos comentários de suas postagens, quanto mais você usa essas unidades, menores as chances de recuperação.
A formação de unidades tende a ocorrer quando você não quer mais os dados nessa unidade.
Use algo como o Ultimate Boot CD ( link ) para inicializar em um ambiente ao vivo, sem tocar no disco rígido e tentar para recuperar dados. O UBCD possui ferramentas de recuperação de arquivos que podem recuperar os blocos de dados que ainda não foram sobrescritos. Existem dois vídeos aqui que podem ser úteis para isso.