As partições persistentes ainda não funcionam com instalações do tipo syslinux com o 17.04, incluindo o UNetbootin.
Mkusb inicializa usando o grub2, ele trabalhou para mim usando partições persistentes com o 17.04. Com um pouco de trabalho, a partição casper-rw pode ser substituída por um arquivo casper-rw.
Usando o gparted, altere a partição casper-rw para FAT32 e deixe a etiqueta em branco. Copie um arquivo casper-rw, (feito usando UNetbootin), para a partição. O tamanho máximo de um arquivo FAT32-casper-rw é de 4 GB.
Se desejar, você pode criar vários arquivos persistentes com este método, colocar cada arquivo casper-rw em sua própria pasta com nome exclusivo na partição. Em seguida, o caminho para essa pasta é fornecido no menuentry no grub.